พิธีสารคาร์ตาเฮนาว่าด้วยความปลอดภัยทางชีวภาพ กำหนดวัตถุประสงค์ตามแนวทางระมัดระวังล่วงหน้า (precautionary approach) ตามที่ระบุไว้ในหลักการข้อ 15 ของปฏิญญาริโอ เดอจาเนโร สาธารณรัฐบราซิล ปี พ.ศ. 2535 ว่า

• ให้มีระดับการป้องกันที่เพียงพอในการเคลื่อนย้าย ดูแล และใช้ประโยชน์สิ่งมีชีวิตดัดแปลงพันธุกรรมอันเนื่องมาจากเทคโนโลยีชีวภาพสมัยใหม่ที่อาจมีผล กระทบที่ไม่เอื้ออำนวยต่อการอนุรักษ์และใช้ประโยชน์ความหลากหลายทางชีวภาพที่ยั่งยืนอย่างปลอดภัย โดยคำนึงถึงความเสี่ยงต่อสุขอนามัยของมนุษย์
• คำนึงถึงความเสี่ยงต่อสุขอนามัยของมนุษย์
• ให้ความสำคัญเป็นพิเศษกับการเคลื่อนย้ายข้ามแดน (transboundary movement)